|
|
Vymezení druhových hranic v sekci Candidi rodu Aspergillus
Glässnerová, Kateřina ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Caboň, Miroslav (oponent)
Aspergillus sekce Candidi zahrnuje bíle nebo žlutě sporulující druhy izolované většinou z vnitřního prostředí budov, jeskynního prostředí, půdy, potravin, krmiv, klinického materiálu a trusu. Identifikace zástupců této sekce není jednoduchá, protože jsou si morfologicky velmi podobní. Tato práce si klade za cíl provést revizi druhových hranic v sekci Candidi a předložit přehled všech akceptovaných druhů společně s informacemi o jejich ekologii. Do práce bylo zahrnuto celkem 113 kmenů izolovaných na různých kontinentech a z různých substrátů. Základem pro molekulární analýzy byly DNA sekvence genu pro β-tubulin (benA), kalmodulin (CaM) a velkou podjednotku RNA polymerázy II (RPB2). Pro fylogenetické vymezení druhů byly použity metody založené na modelu mnohadruhové koalescence, jejichž výsledky byly porovnány s klasickými fylogenetickými metodami a přístupem GCPSR (genealogical concordance phylogenetic species recognition) a také s fenotypovými znaky. Analýza fenotypu zahrnovala porovnání makromorfologie na čtyřech kultivačních médiích, růstových parametrů při teplotách od 10 do 45 řC a sedmi mikromorfologických znaků. Pro výsledné rozhodnutí o druhových hranicích byl definován integrativní přístup sestávající ze čtyř kritérií, na jehož základě bylo podpořeno sedm stávajícíh a dva dosud nepopsané...
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Taxonomy of selected groups of the genus \kur{Caloplaca}
ŠOUN, Jaroslav
Práce se zabývá fylogenezí, taxonomií a nomeklaturou vybraných skupin lišejníků rodu Caloplaca. Detailně byla studována s použitím molekulárních metod (sekvencí ITS), morfologie a chemie především skupina C. cerina. Studie byla založena na materiálu z Evropy a v menším rozsahu také ze Severní Ameriky a západní Asie. Studie odhalila neočekávané množství fylogenetických linií a popsány byly tři nové druhy (C. sterilis, C. subalpina, C. thracopontica). Další studie se detailně zabývala nomenklaturou, taxonomií, morfologií a v menší míře též ekologií dvou blízce příbuzných druhů ze skupiny C. aurantia (C. aurantia, C. flavescens). Stanoven byl neotyp druhu C. aurantia. Zrevidováno bylo rozšíření obou druhů v rámci České republiky. Málo známý druh C. aurantiomurorum z Alžírska byl lektotypifikován a synonymizován s C. aurantia. Vyjma dvou zmíněných skupin byly s použitím molekulárních (sekvencí ITS) a fenotypických dat studovány druhy C. phlogina and C. scythica. Přestože se druhy částečně liší v barvě stélky a výrazně v rozšíření bylo zjištěno, že se jedná o stejný druh.
|
host ::
RSS.